| Résumé | La fonte du pergélisol et ses répercussions potentielles sur les émissions de CH4 constituent des préoccupations importantes dans le contexte du réchauffement planétaire. Les bactéries méthanotrophes ont la capacité d’atténuer les émissions de CH4 provenant de la fonte du pergélisol. Dans la présente étude, nous utilisons la PCR quantitative, la technique appelée « stable isotope probing of DNA », la cartographie peptidique par électrophorèse en gel de gradient dénaturant (denaturing gradient gel electrophoresis ou DGGE) et le séquençage des gènes codant l’ARNr 16S et la sous-unité A de la méthane mono oxygénase particulaire (particulate methane monooxygenase ou pmoA) pour étudier l’activité et la diversité des bactéries méthanotrophes dans le mollisol de l’île d’Ellesmere dans l’Extrême-Arctique canadien. Les résultats montrent que la plupart des sols prélevés ont la capacité d’oxyder le CH4 à 4 °C et à température ambiante (TA), mais ces taux d’oxydation sont plus élevés à la TA et augmentent considérablement lorsque l’on ajoute des nutriments. Les profils de bandes des DGGE associés aux populations des bactéries méthanotrophes actives montrent également des différences en fonction de la température d’incubation et de l’ajout de nutriments. Le séquençage des gènes codant l’ARNr 16S et la pmoA indique une faible diversité des bactéries méthanotrophes actives, car toutes les séquences des gènes codant l’ARNr 16S et la pmoA méthanotrophes sont apparentées aux méthanotrophes de type I des genres Methylobacter et Methylosarcina. Cette dominance des méthanotrophes de type I par rapport à ceux de type II dans les échantillons de sol en place est confirmée par la PCR quantitative du gène codant l’ARNr 16S en utilisant les amorces propres à ces deux groupes de bactéries. La séquence des gènes codant l’ARNr 16S et la pmoA liés à Methylobacter tundripaludum se trouve dans tous les sols, peu importe les conditions d’incubation. Cette bactérie pourrait donc jouer un rôle dans la dégradation in situ du CH4. Ces travaux apportent de nouveaux renseignements qui viennent appuyer l’importance potentielle de Methylobacter spp. dans les sols arctiques, mise en évidence par des travaux antérieurs, et enrichir l’ensemble des connaissances encore limitées sur l’activité et la diversité méthanotrophes dans cet environnement extrême. |
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