| Auteur | Rechercher : Tang, Zuojian; Rechercher : Phan, Sieu; Rechercher : Pan, Youlian; Rechercher : Famili, Fazel |
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| Format | Texte, Article |
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| Conférence | 2007 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CICBC 2007), April 1-5, 2007, Honolulu, Hawaii, USA |
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| Résumé | L'ontologie génétique (OG) s'articule autour de trois principes, le constituant cellulaire, le processus biologique et la fonction moléculaire. L'analyse des annotations OG d'une liste de gènes exprimés différentiellement sur des biopuces est maintenant couramment utilisée pour faciliter leur interprétation biologique. Les études antérieures d'analyse ontologique se fondent sur un seul principe, principalement le processus biologique; des renseignements précieux concernant les deux autres principes sont négligés. Dans cet article, nous proposons une approche nouvelle pour examiner la co-régulation des gènes à partir des annotations OG relatives aux trois principes. Nous avons utilisé la similitude sémantique des annotations OG comme mesure pour répartir les gènes en groupements fonctionnellement apparentés et avons élaboré un indice de performance (IP) qui fusionne les annotations OG pour les trois principes afin de mesurer la qualité de chaque groupement. Nous avons utilisé avec succès notre algorithme dans un ensemble de données sur les levures. Nos résultats indiquent que l'IP est une bonne mesure de la probabilité de co-régulation d'un groupement par un ou plusieurs FT. Une autre analyse fondée sur un seul principe OG montre que les annotations de gène dans le processus biologique sont les plus instructives et celles dans le constituant cellulaire sont les moins instructives pour ce qui est de la co-régulation des gènes. Toutefois, aucune de ces analyses basées sur un seul principe ne pouvait fournir une classification satisfaisante. Il importe d'examiner les annotations de gènes en tenant compte des trois principes. |
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| Date de publication | 2007 |
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| Langue | anglais |
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| Numéro du CNRC | NRCC 48806 |
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| Numéro NPARC | 9167614 |
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| Exporter la notice | Exporter en format RIS |
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| Identificateur de l’enregistrement | 3bfa9136-c1c1-4f60-a822-e6d805a7622f |
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| Enregistrement créé | 2009-06-29 |
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| Enregistrement modifié | 2020-08-12 |
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