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Conformational dynamics of an alanine dipeptide analog: an ab initio molecular dynamics study

Par Conseil national de recherches du Canada

DOITrouver le DOI : https://doi.org/10.1103/PhysRevE.64.011907
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FormatTexte, Article
Résumé
An ab initio molecular dynamics (MD) simulation technique employing the Born-Oppenheimer approach in the framework of a Gaussian implementation of Kohn-Sham density functional theory is used to study the gas-phase conformational dynamics of an alanine dipeptide analog. It is found that conformational transformation between C5 and C7eq occurs on the picosecond time scale. Classical MD simulations using most of the popular force fields do not yield a transition even after nanoseconds. An analysis is given of the difference, for this small gas-phase system, between ab initio MD and traditional MD simulation using force fields.
Date de publication
Dans
  • Physical Review. E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics 64, nº 1 : 011907–.
Langueanglais
Publications évaluées par des pairsOui
Publication du CNRC
Cette publication n’est pas du CNRC

Ce sont des publications qui ont été rédigées par un auteur du CNRC, mais avant que celui-ci soit employé du CNRC.

Numéro NPARC12328259
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Identificateur de l’enregistrementbbe79f54-a3f1-481c-891a-1266fe863cb4
Enregistrement créé2009-09-10
Enregistrement modifié2020-03-27
Date de modification :