| Résumé | Les communautés microbiennes constituent un aspect important de l’écologie des rivières dans son ensemble; cependant, on ne connaît pas les effets des activités anthropiques sur les niches microbiennes uniques des rivières, ni comment la collecte de ces échantillons affecte la diversité et le profil des communautés observés. Les auteurs ont analysé les communautés procaryotes et eucaryotes des niches d’eau de surface, de biofilm, de sédiments en suspension le long d’un gradient de contamination liée aux sables bitumineux dans la rivière Athabasca (Alberta, Canada), avec des communautés de sédiments en suspension ou associées à des particules recueillies soit à l’aide d’un échantillonneur de Kenney, soit à l’aide d’un collecteur à centrifugation. À l’échelle des phylums, les différentes communautés des niches étaient très similaires entre elles et entre les différents sites. Toutefois, il y avait des différences significatives dans l’abondance de genres spécifiques entre les différentes niches et entre les lieux d’échantillonnage. Un modèle linéaire généralisé a révélé que l’utilisation de l’échantillonneur de Kenney permettait d’obtenir des communautés bactériennes et eucaryotes des sédiments en suspension plus diversifiées que la collecte par centrifugation, bien que les communautés de « sédiments en suspension » collectées par n’importe quel moyen soient restées diversifiées de manière stable, d’un endroit à l’autre. Bien que les paramètres de qualité de l’eau aient exercé une influence sur la composition des communautés, tous les sites échantillonnés abritent des communautés bactériennes et eucaryotes diversifiées, quel que soit le degré de contamination, ce qui souligne la nécessité d’aller au-delà de la diversité écologique comme moyen d’évaluer les perturbations écologiques et d’envisager de collecter des échantillons provenant de niches environnementales multiples. |
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