Nutri‐cereal tissue‐specific transcriptome atlas during development: functional integration of gene expression to identify mineral uptake pathways in little millet (Panicum sumatrense)

Par Conseil national de recherches du Canada

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DOI

Trouver le DOI : https://doi.org/10.1111/tpj.16749

Auteur

Rechercher : Pahari, Shankar; Rechercher : Vaid, Neha; Rechercher : Soolanayakanahally, Raju Identifiant ORCID : https://orcid.org/0000-0002-9345-9640; Rechercher : Kagale, Sateesh¹Identifiant ORCID : https://orcid.org/0000-0002-7213-1590; Rechercher : Pasha, Asher; Rechercher : Esteban, Eddi; Rechercher : Provart, Nicholas Identifiant ORCID : https://orcid.org/0000-0001-5551-7232; Rechercher : Stobbs, Jarvis A.; Rechercher : Vu, Miranda; Rechercher : Meira, Debora; Rechercher : Karunakaran, Chithra; Rechercher : Boda, Praveen; Rechercher : Prasannakumar, Mothukapalli K.; Rechercher : Nagaraja, Alur; Rechercher : Jain, Ashwani Kumar

Affiliation

Conseil national de recherches du Canada. Développement des cultures et des ressources aquatiques

Bailleur de fonds

Rechercher : Agriculture and Agri-Food Canada

Format

Texte, Article

Sujet

little millet; developmental transcriptome; mineral ion transport; differential gene expression; zinc and iron

Résumé

Little millet (Panicum sumatrense Roth ex Roem. & Schult.) is an essential minor millet of southeast Asia and Africa's temperate and subtropical regions. The plant is stress-tolerant, has a short life cycle, and has a mineral-rich nutritional profile associated with unique health benefits. We report the developmental gene expression atlas of little millet (genotype JK-8) from ten tissues representing different stages of its life cycle, starting from seed germination and vegetative growth to panicle maturation. The developmental transcriptome atlas led to the identification of 342 827 transcripts. The BUSCO analysis and comparison with the transcriptomes of related species confirm that this study presents high-quality, in-depth coverage of the little millet transcriptome. In addition, the eFP browser generated here has a user-friendly interface, allowing interactive visualizations of tissue-specific gene expression. Using these data, we identified transcripts, the orthologs of which in Arabidopsis and rice are involved in nutrient acquisition, transport, and response pathways. The comparative analysis of the expression levels of these transcripts holds great potential for enhancing the mineral content in crops, particularly zinc and iron, to address the issue of “hidden hunger” and to attain nutritional security, making it a valuable asset for translational research.

Date de publication

2024-04-04

Maison d’édition

Wiley
Society for Experimental Biology

Licence

Creative Commons Attribution - Pas d'utilisation commerciale 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/deed.fr

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Langue

anglais

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Oui

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Enregistrement créé

2024-05-09

Enregistrement modifié

2024-05-09

Date de modification :: 2024-06-30