| Résumé | Dans le présent article, on décrit la structuration de puces d’ADN sur des surfaces en matière plastique au moyen d’un système élastomère microcapillaire à deux dimensions (μCS). Les structures des microcanaux ont été réalisées par gaufrage lithographique à chaud avec du Versaflex CL30. Comme les élastomères à base de poly(diméthylsiloxane), ce copolymère thermoplastique séquencé permet de sceller une surface de manière réversible, rendant possible le confinement de sondes d’ADN avec un niveau de contrôle jamais atteint avec des techniques classiques de micropositionnement. On s’est concentré sur les μCS permettant l’obtention de micropuces ayant jusqu’à 2 × 48 points, chacun de 45 μm de diamètre. Les substrats ont été fabriqués à partir de deux matières thermoplastiques dures, du poly(méthacrylate de méthyle) et une poly(cyclooléfine) (p. ex. Zeonor 1060R), qui ont toutes deux été activées avec du chlorhydrate de 1-éthyl-3-[3-(diméthylamino)propyl]carbodiimide et du N hydroxysuccinimide pour médier la liaison covalente aux molécules d’ADN. L’approche a été authentifiée au moyen de solutions 0,25−32 μM d’oligonucléotides modifiés avec un groupe amino et marqués avec du Cy3 ou du Cy5 fluorescent dans un tampon phosphate salin, permettant une caractérisation directe et sensible des puces imprimées. Les solutions ont été incubées pendant des durées allant de 1 à plus de 48 h à 22, 30 et 40 °C pour tester les conditions permettant d’obtenir des points ayant une intensité de fluorescence élevée et uniforme. La longueur (l) et la profondeur (d) des microcanaux d’alimentation étaient toutes deux importantes sur le plan de la diminution ainsi que de l’évaporation du solvant. Bien qu’une activation sélective du substrat se soit avérée utile pour limiter les pertes improductives d’oligonucléotides le long des trajectoires, l’incubation de la solution dans un environnement humide était nécessaire pour prévenir le séchage incontrôlé du liquide et ainsi conserver le processus d’immobilisation intact pendant de longues périodes. Lorsqu’elles étaient combinées, ces stratégies favorisaient efficacement la formation de micropuces d’ADN de haute qualité, ce qui rend possible le placement de plusieurs sondes en parallèle avec un haut degré d’uniformité. De plus, on a montré que les puces obtenues étaient compatibles avec les protocoles classiques d’hybridation, qui permettent la discrimination fiable de brins individuels quand ils sont exposés à une molécule cible spécifique d’ADN simple brin. |
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