| DOI | Trouver le DOI : https://doi.org/10.1080/00207160701203419 |
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| Auteur | Rechercher : Phan, Sieu1; Rechercher : Famili, Fazel1; Rechercher : Tang, Zuojian1; Rechercher : Pan, Youlian1; Rechercher : Liu, Ziying1; Rechercher : Ouyang, Junjun1; Rechercher : Lenferink, Anne2; Rechercher : Mc-Court O'Connor, Maureen2 |
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| Affiliation | - Conseil national de recherches du Canada. Institut de technologie de l'information du CNRC
- Conseil national de recherches du Canada. Institut de recherche en biotechnologie du CNRC
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| Format | Texte, Article |
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| Sujet | reconnaissance des profils biologiques; séries chronologiques de données issues de puces à ADN; exploration de données; regroupement; gènes coexprimés |
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| Résumé | L'identification de gènes coexprimés qui ont des comportements biologiques semblables est une étape essentielle en génomique fonctionnelle. Les techniques classiques de groupement se fondent généralement sur la similitude globale des niveaux d'expression et génèrent souvent des groupes aux profils mixtes. Nous proposons dans cet article une nouvelle méthode de reconnaissance des profils pour le choix des gènes coexprimés d'après le taux de changement et la modulation de l'expression génique à chaque intervalle. Cette méthode permet d'identifier des groupements de gènes dont la forme des profils d'expression et des profils de modulation est très similaire. De plus, nous avons établi un indice de qualité basé sur la similarité sémantique dans les annotations géniques pour évaluer la probabilité qu'un groupement soit un groupe corégulé. Nous démontrons l'efficacité de la méthode proposée en l'appliquant à l'ensemble bien connu de données sur la sporulation de levures et à un ensemble de données génomiques internes sur le cancer. |
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| Date de publication | 2007-07-02 |
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| Langue | anglais |
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| Numéro du CNRC | NRCC 48820 |
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| Numéro NPARC | 3539513 |
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| Identificateur de l’enregistrement | ee5b248a-0399-4752-bf71-df4fa4b6914a |
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| Enregistrement créé | 2009-03-01 |
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| Enregistrement modifié | 2020-05-10 |
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