| Téléchargement | - Voir le manuscrit accepté : The analysis of mass spectrometry data to resolve and quantify peptide peaks in cerebral stroke samples: an evolutionary computation approach (PDF, 354 Kio)
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| Auteur | Rechercher : Valdés, Julio; Rechercher : Barton, Alan; Rechercher : Haqqani, A.S. |
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| Format | Texte, Article |
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| Conférence | Medical Applications of Genetic and Evolutionary Computation Workshop (MedGEC) as part of Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO), July 8-12, 2006., Seattle, Washington, USA |
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| Sujet | spectroscopie de masse; protéomique; médecine; algorithme génétique; évolution différentielle; calcul évolutif; ajustement de modèles |
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| Résumé | On effectue, du point de vue du calcul évolutif, un examen préliminaire des échantillons prélevés à la suite d'un accident vasculaire cérébral, injectés dans un spectromètre de masse. On tente de détecter et de résoudre les pics peptidiques dans le but de déterminer de façon automatique et exacte les quantités de peptides non marqués. Nous proposons un modèle théorique pour les pics peptidiques, puis effectuons une série d'expériences (la plupart dans un environnement informatique distribué) avec une stratégie de prétraitement des données qui comprend i) une étape de dé isotoping suivie ii) d'une procédure de sélection de pics, suivie iii) d'une série d'expériences de calcul évolutif ayant pour but d'examiner leur capacité à réaliser l'objectif évoqué ci dessus. Les résultats obtenus avec quatre algorithmes génétiques différents et un algorithme évolutif différentiel sont présentés, en ce qui concerne leur capacité à trouver des solutions qui s'ajustent dans le cadre du modèle théorique des pics peptidiques présenté. Des expériences avec des espaces de solutions avec et sans contraintes (déterminés par une étape de prétraitement à granularité grossière) sont réalisées pour les deux types d'algorithmes évolutifs. Les résultats préliminaires obtenus sont encourageants. |
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| Langue | anglais |
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| Numéro du CNRC | NRCC 48505 |
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| Numéro NPARC | 5763478 |
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| Identificateur de l’enregistrement | ff1b9bac-4e90-438c-b0dc-777f8b7387db |
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| Enregistrement créé | 2009-03-29 |
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| Enregistrement modifié | 2020-04-16 |
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