| Téléchargement | - Voir le manuscrit accepté : Discovery of Functional Genes for Systemic Acquired Resistance in Arabidopsis Thaliana through Integrated Data Mining (PDF, 1015 Kio)
|
|---|
| Auteur | Rechercher : Pan, Youlian1; Rechercher : Pylatuik, Jeffery D.2; Rechercher : Ouyang, Junjun1; Rechercher : Famili, A. Fazel1; Rechercher : Fobert, Pierre R.2 |
|---|
| Affiliation | - Conseil national de recherches du Canada. Institut de technologie de l'information du CNRC
- Conseil national de recherches du Canada. Institut de biotechnologie des plantes du CNRC
|
|---|
| Format | Texte, Article |
|---|
| Sujet | exploration de données intée; identification du motif; classification; résistance systématique acquise; microarray |
|---|
| Résumé | Différentes techniques d'exploration de données, combinées à de l'information sur le motif de séquence dans la région promotrice de gènes, ont été appliquées pour découvrir les gènes fonctionnels qui interviennent dans le mécanisme de défense de la résistance systémique acquise (RSA ou SAR) chez Arabidopsis thaliana. On a initialement utilisé une série de classifications par les K moyennes et la différence de forme comme mesure de distance. On a utilisé une mesure de stabilité pour valider ce processus de classification, et un algorithme d'arbre de décision ainsi que la technique de découverte et de masquage pour identifier un groupe de gènes supérieurement informatifs. On a étudié l'apparence et l'abondance de différents sites de liaison de facteurs de transcription dans la région promotrice des gènes. En combinant ces techniques, nous avons pu identifier 24 gènes candidats intervenant dans le mécanisme de défense de la RSA. Ces gènes candidats se classaient dans deux catégories hautement résolues, chacune présentant des profils véritablement uniques d'éléments régulateurs dans leurs régions promotrices. Cette étude démontre le potentiel de pareilles méthodes d'intégration et laisse entrevoir une plus vaste application de cette approche. |
|---|
| Date de publication | 2004 |
|---|
| Dans | |
|---|
| Langue | anglais |
|---|
| Publications évaluées par des pairs | Oui |
|---|
| Numéro du CNRC | NRCC 46550 |
|---|
| Numéro NPARC | 10260257 |
|---|
| Exporter la notice | Exporter en format RIS |
|---|
| Signaler une correction | Signaler une correction (s'ouvre dans un nouvel onglet) |
|---|
| Identificateur de l’enregistrement | c0821bca-4238-474d-9091-9a1d6a9c44a7 |
|---|
| Enregistrement créé | 2009-07-22 |
|---|
| Enregistrement modifié | 2020-04-17 |
|---|
